１学年あたり普通科６クラス、理数科１クラスで編成されます。７限授業を週２時間実施しています。また、平日の放課後や、土曜日の午前中には希望者を対象とした「チャレンジ講座（補習授業）」を実施することによって、難関国公立大学への合格など、生徒の幅広い進路実現につながっています。特に理数科では、大学の先生の講義を受ける高大連携講座の実施や、研究施設を見学することで、理科的な思考力や教養力を、課題研究報告会などを通して表現力を身に付けるなど、総合的な力を身に付けることができます。

全国優勝を目指して水球を続けながら、大学進学を目指すことができる公立高校です。進学校であるため、限られた時間の中で、効率の良い練習に取り組み、成果を上げています。

本校水球部は、地元クラブの大垣市水球クラブと連携して活動するなど、地域に根差して活動し、地域の方々からも応援していただいています。大垣市水球クラブは、大垣市水泳連盟や大垣市体育連盟からの支援も受け、小学生から高校生までを対象として活動しており、各カテゴリーに指導者がいるため、現在文部科学省が目指している部活動の地域への移行も視野に入れています。