大垣商業高等学校には、商業科と情報科の２つの大学科があります。商業科には、総合ビジネス科と会計科があります。
 各学科ごとに１年生の科目は共通履修を行い、２年生より各類型に分かれます。さらに、２～３年生では選択科目があるため、どの学科・類型であっても進学・就職のいずれも対応できます。


＊ 特色ある各学科の取組みの紹介 ＊

〔 総合ビジネス科 〕
①岐阜経済大学との連携
　企業家教育講座として、地域活性化をテーマに、大学の先生が授業を行います。
②地元企業との連携
　大垣市、大垣市商店街振興組合連合会、地元企業の協力を得て、商品開発や商店街紹介マップ制作、街づくり活動等の各種取組みを行います。

〔 会計科 〕
①立命館大学への特別推薦入学制度で、推薦条件をクリアすると優先的に入学できる制度があります。
②簿記・会計の基礎知識を身に付け、日商簿記1級合格、
 全経簿記上級合格を目指し、大学に進学した後は公認
 会計士、税理士などの企業会計人として活躍します。

〔 情報科 〕
①ソフトピアジャパンとの連携、IAMASとの連携、
 ソフトピアジャパン・ドリームコアのインキュベードルーム
 にサテライト教室「夢工房」を設け、IAMAS(県立情報科学
 芸術大学院大学)の先生からご支援受けたり、企業の方から
 技術的な援助を受け、コンテンツ制作や資格取得などに挑
 戦しています。
②岐阜女子大学との連携
 岐阜女子大学の先生から
 情報倫理についての授業を受けます。