図案の３つのマークは、左から小・中・高等部の子どもたちを意味し、丸みをもったデザインで、みんなが一丸となって学びあう様子を表現している。
また、活力を示す赤、木曽川と長良川をあらわす青、自然で安定感のある緑が合わさってできており、地域の中で学ぶ姿を象徴している。